14 травня 1796 року завдяки Волинському і Житомирському єпископу Варлааму Шишацькому було відкрито "Єпаршеську семінарію", яка згодом стала Волинською. Це відбулося після того, як при Катерині ІІ у 1775 р. Волинський край був приєднаний до Росії. Завданням семінарії було підготувати кандидатів у священики для парафій, які перейшли з унії в Православ'я. У семінарію приймали православних дітей (віком 7-15 років), які до того навчалися в базиліанський та єзуїтських школах м. Овруча, Межирича, Острога. Згодом кращих учнів направляли навчатися в Київську Духовну Академію. Спочатку семінарія знаходилась у приміщенні Преображенського монастиря в м. Остріг - колишній центр освіти західної України. Після пожежі (1821 р), яка знищила будинки семінарії, в 1825 році її було переведено в м. Аннопіль Острозького уїзду, де вона діяла до квітня 1836 року. Потім місцем її розташування стало місто Кременець, а з осені 1902 року м. Житомир.

Коли Волинська Духовна семінарія була переведена в м. Кременець, її організацією зайнявся єпископ Кременецький Діонісій. Ректором відновленої семінарії став архімандрит (потім єпископ-вікарій) Симон Іваницький. Після нього ректором був архімандрит Олексій (Громадський), який потім ставши єпископом, самовіддано захищав семінарію від католицького впливу до кінця її існування. У 1939 році поляки все ж таки змусили викладати деякі дисципліни польською мовою.

Після закінчення Другої світової війни ВДС знову почала функціонувати, проте уже в м. Луцьку.

23 травня 1944 року єпископом Луцьким і Волинським призначено єпископ Микола (Чуфаровський). Іподияконом тоді у нього був Валентин Негода, - теперішній викладач семінарії. Завдяки єпископу Миколаю в 1945 році було відкрито пастирські курси, які у 1946 році і перейменували у Волинську Духовну семінарію. Її ректором став кандидат богослов'я, протоієрей Микола Тучемський. До цього у період між Першою і Другою світовими війнами він працював ректором Віленської Духовної семінарії.

З 1954 року в семінарії почали добудовувати аудиторії, спальні та господарські.

З 1946 по 1954 рік ВДС випускала тільки 17 чоловік. Проте були роки, коли кількість випускників сягала до 40 і більше осіб. А всього за двадцять післявоєнних років семінарія випустила понад 500 священиків, які служили на благо Церкви не тільки у Волинському краї, а й в інших областях.

Коли влада почала здійснювати перевірки викладачів та семінаристів на надійність, було звільнено з роботи викладачів о. Стефана Грушка та Євгенія Степановича Богуславського. З 1960 року семінарію почали закривати. Ректор о. М. Тучемський був усунений від керівництва, а на його місце призначили ігумена Мефодія (Мензака), який через два роки став єпископом Волинським.

Внаслідок тиску безбожної влади після закриття в 1960 році Київської, Саратовської, Ставропольської семінарій дійшла черга і до Волинської. Указом комітету від 15.03.1964 р. при єпископі Мефодії (Мензак) у серпні 1964 року Волинську Духовну семінарію було

Коли в 1988 році світська влада дозволила урочисто відсвяткувати 1000- ліття Хрещення Русі з'явилася можливість відновити діяльність ВДС. Отож, у жовтні 1990 при єпископі Варфоломії (Ващуку) було відкрите Луцьке Духовне училище, яке через рік отримало статус Духовної семінарії, ректором якої став єпископ Варфоломій. У вересні 1992 року ректором ВДС було призначено прот. Петра Влодека, який і до цього часу обіймає дану посаду.

12.08.1992 року згідно розпорядження Волинської облдержадміністрації від 11.08.1992 року Луцький Свято-Троїцький кафедральний собор, приміщення єпархії та семінарії були передані віруючим Київського Патріархату. Варто зазначити, що по-суті все відбувалося без офіційного попередження: прихильники КП просто силоміць захопили не тільки самі приміщення, а й майно. Семінаристів і викладачів вигнали, весь учбовий та господарський інвентар був утрачений. Прихожани Української Православної Церкви відстояли тільки Свято-Покровський храм, при якому був невеличкий будиночок для сторожа. У ньому і розташувалось Єпархіальне управління та семінарія.

Указом Священного Синоду Української Православної Церкви від 27.08.1992 р. на Волинську кафедру був призначений єпископ Ніфонт (Солодуха). Завдяки його наполегливій праці, високому авторитету серед віруючих було збережено Православ'я на Волині. Викладачі та учні на чолі зі своїм Архіпастирем вирішили, що семінарія буде існувати. Заняття проводили у три зміни в сторожці Свято-Покровської церкви, а проживали вихованці у квартирах віруючих людей. У березні 1993 року за проханням Преосвященнійшого Ніфонта, єпископа Луцького і Волинського, Волинська облдержадміністрація дала в оренду приміщення колишнього домініканського монастиря для тимчасового розміщення семінарії. Там вона знаходиться і на даний час. Зробивши ремонт класів та келій, а також фасаду приміщення, вихованці привели семінарію у належний вигляд. Завдяки Високопреосвященнійшому Ніфонту, Архієпископу Луцькому і Волинському в 1993 р. при ВДС було відкрито однорічні, а в 1996 р. - дворічні курси регентів-псаломщиків. З 27.07.97., згідно рішення Священного Синоду УПЦ, журнал №26, було введено заочну форму навчання.